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研究课题
方法计算电子激发态下的分子，蛋白质的电子结构和圆二色性， 蛋白质折叠和演化，生物信息学，计算机辅助药物设计，耐药性。
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研究进展
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蛋白质的光学性质，例如圆二色性，为蛋白质的折叠提供了有用的实验探测。这种实验可以在纳秒的时间尺度之下执行，并允许我们观测到蛋白质折叠过程中最早的一些信息。为了提高对这些重要试验的解释，我们正在改进计算蛋白质圆二色性的理论方法。这些计算加上 全原子分子 (all-atom molecular) 动态模拟的蛋白质折叠提供了一个蛋白质构象和可见光谱特性之间的详细联系。 |
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在溶剂发挥的众多角色中，其对分子的电子结构的影响是一个特别具有挑战性和值得研究的现象。 ab initio 方法被用于计算小分子的电子结构，这是蛋白质色组的重要模型。 |
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为了研究演变的显著影响与功能， 我们已制定了一个高度简化的关于具有约束力 口袋 (pockets) 的蛋白质的计算模型，所谓功能模型蛋白质。 多肽链的配置仅限于一格，这就减少了可能的结构的数量，从天文数字般的数目变为可以计算的数量。 不同种类的氨基酸数量也大大减少。我们已经探索了其合理性，或称之为 进化性前景 (evolutionary landscape) ，其主要特征包括其规模、同源种类的分布以及功能模型蛋白质的复杂相互关联性。从 生物信息学的角度讲，了解这些模型的 进化性前景 可以帮助理顺大量的基因组序列数据。目前，我们正在扩展这些模型，以更接近真实的蛋白质。 |
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我们正在努力应用非参数统计方法，用以发展定量构效关系 (quantitative structure-activity relationships (QSAR)) 用于 重整生物活性的分子和帮助设计化合物在未来药物发现中的努力。组合化学 (Combinatorial Chemistry) 的来临使得 数以千计的化合物变得可触及，计算化学提供了一种手段，可以更充分地利用组合化学的方法开发药物设计。 |